El mandato del la CICIG no tiene precedentes dentro de las Naciones Unidas u otros esfuerzos internacionales de promover la responsabilidad y reforzar el estado de derecho. Posee muchos de los atributos de un Fiscal Internacional, pero opera bajos las leyes Guatemaltecas, en las Cortes Guatemaltecas, usando el procedimiento penal de Guatemala. La CICIG apoya a las instituciones del Estado en la investigacion de las actividades de los cuerpos ilegales y aparatos clandestinos de seguridad, definidos como grupos que cometen actos ilegales y que afectan el gozo y ejercicio de los derechos fundamentales de la población Guatemalteca y tienen enlaces directos e indirectos con agentes del Estado o la capacidad de bloquear acciones judiciales concernientes a sus actividades ilegales. La influencia de estos grupos dentro del Estado es considerada como una de las bases fundamentales de la impunidad en el país y como un gran obstáculo que impide los esfuerzos de fortalecer el estado de derecho.

Mientras que la CICIG investiga y participa en procesos criminales de un número limitado de casos difíciles y sensitivos, también trabaja en fortalecer la estructura de políticas públicas del país así como en el fortalecimiento de las instituciones del sector judicial de Guatemala. Con esta finalidad, la CICIG hace propuestas de reformas legales, trabaja de cerca con miembros selectos del Ministerio Publico y de la Policía Nacional Civil para elevar la experiencia en investigaciones criminales y procesos judiciales además de proveer asistencia técnica a éstas y otras instituciones del sector justicia. La meta es la de dejar estas instituciones fortalecidas, con nuevas capacidades dentro de sus miembros para afrontar casos como éstos en el futuro.